Clicando na aba Faturas é possível verificar se foi gerada uma fatura para o pedido ou se ainda precisa confirmar o pagamento.
Para acessar a fatura basta clicar sob a mesma.
Para gerar uma fatura manualmente vá até o pedido e clique em Fatura.
Nessa etapa você pode criar um envio e já adicionar o rastreamento do mesmo.
Confirme os dados do cliente, escolha a forma de captura e clique em Enviar Fatura.