A navegação principal (no header da loja) exibe todas as categorias de nível 0, além dos links estáticos configurados para aparecerem lá.
Caso deseje ocultar algum desses itens, mandendo-o na navegação lateral, será necessário usar CSS.
Para faze-lo, no painel administrativo, vá em Sistema > Configuração > Design > Cabeçalho do HTML, e insira o código abaixo no campos Scripts Variados:
<style>
.nav-primary li.level0:nth-child(1),
.nav-primary li.level0:nth-child(2),
.nav-primary li.level0:nth-child(3) {
display: none;
}
</style>
Este código esconderá os 3 primeiros itens da navegação. Você pode modifica-lo para esconder os itens que deseja conforme descrito abaixo:
Após editar o CSS, clique no botão Salvar Configuração, limpe o cache e os ajustes já poderão ser vistos no frontend.